Untuk menjaga kelestarian Candi Borobudur dari ancaman kerusakan, dilakukan usaha berupa pemugaran. Pemugaran Candi Borobudur dilakukan sebanyak dua kali. Pemugaran tahap pertama dilakukan oleh pemerintah Hindia Belanda yang dipimpin oleh Van Erp. Pemugaran tahap kedua dilakukan oleh pemerintah Indonesia.
Pemugaran tahap I
Pemugaran Candi Borobudur tahap I dilakukan tahun 1907 – 1911 oleh Van Erp. Pemugaran yang dilakukan oleh pemerintah Hindia Belanda pada tahap I lebih banyak ditujukan pada pemugaran bagian atas Candi Borobudur yaitu bagian stupa teras dan stupa induk.
Pemugaran tahap II
Pemugaran Candi Borobudur tahap II dilakukan dari tahun 1973-1983. . Mengingat kompleksnya permasalahan yang terjadi di Candi Borobudur, dalam pemugaran tahap II ini melibatkan beberapa expert dari luar negeri dan ahli-ahli dari berbagai disiplin ilmu. Para staf ahli yang terlibat antara lain ahli purbakala, mikro biologi, mekenika tanah, teknik bangunan, geologi, beton dan lain-lain. Biaya pemugaran ditanggung oleh pemerintah Indonesia dengan bantuan dari UNESCO.
Perencanaan pemugaran meliputi pembongkaran dan pemasangan batu candi, pembetonan fondasi, pembersihan serta pengawetan batu-batu candi. Sasaran pemugaran adalah empat tingkat Rupadhatu, sedangkan kaki candi (Kamadhatu) dan teras candi (Arupadhatu) tidak mengalami pemugaran karena keadaannya dinilai masih stabil.
Kegiatan pemugaran yang dilakukan adalah memasang pelat beton bertulang yang berfungsi sebagai fondasi, pemasangan pipa-pipa beton pada tiap-tiap tingkat untuk pengaturan penyaluran air. Untuk menghambat meresapnya air dari dalam bukit ke permukaan candi, di beberapa tempat diberi lapisan kedap air dan lembaran timah hitam. Batu-batu yang telah dibongkar sebelum dikembalikan ke tempat semula dilakukan pembersihan, perbaikan dan pengawetan.
Kegiatan pemugaran ini diharapkan candi Borobudur akan dapat bertahan sekitar 1000 tahun lagi.
