Masih banyak misteri yang belum terungkap tentang Borobudur. Mengenai penamaan Borobudur sampai sekarang masih belum jelas. Ada beberapa pendapat mengenai nama Borobudur. Borobudur berasal dari gabungan kata bara dan budur (barabudur). Bara berasal dari bahasa sansekerta “vihara” sedangkan budur dari kata “beduhur” yang berarti di atas. Dari gabungan kata tersebut Borobudur dapat diartikan biara/asrama di atas bukit. Pendapat lain adalah pendapat J.G. de Carparis, berdasarkan prasasti Sri Kahulunan (842 M) disebutkan sang kamulan I bhumisambharabudara. Masih banyak pendapat mengenai nama Borobudur .

Misteri lain disekitar Borobudur adalah kepercayaan msyarakat terhadap arca budha di dalam stupa teras tingkat I sisi timur yang dikenal dengan arca Kunto Bimo. Masyarakat percaya bahwa siapa saja yang dapat menyentuh jari manis arca budha bagi laki-laki dan tumit arca budha bagi perempuan, maka keinginannya dapat terkabul.

Misteri lain adalah arca budha yang dikenal dengan mbah belet. Menurut cerita arca tersebut ditemukan di halaman candi dalam keadaan terbenam separo (belet, bs jawa = terbenam) sehingga dinamai mbah belet. Araca tersebut sebenarnya merupakan arca yang belum jadi unfinish budha. menurut penganut budha arca tersebut merupakan budha tertinggi yang dulunya terdapat di dalam stupa induk.

Misteri lain adalah adanya kepercayaan orang khususnya muda-mudi apabila berpacaran di candi Borobudur akan mengalami nasib sial yaitu hubungannya bakal tidak berlangsung lama.